就像马伯庸作品的其他改编剧一样,《显微镜下的大明之丝绢案》也是一个质感十足、构思精巧、揭晓谜底略带爽感的故事,这个故事完美精致、充满智商的博弈,甚至在历史考据的支撑下,做到了毫无破绽、没什么槽点,却为了精巧、烧脑忽略了对人物的深刻塑造。其次,剧情和人物设定的不连贯也引起了观众的不满。除了这部剧备受争议的情节外,还有一些莫名其妙的误解和人物设定让观众感到愤怒。除了冥夜和桑酒也引起了一些人的不满外。在被男主屠杀后,整个教派牺牲让女主穿越了500年前,是让她回去扼杀男主,结果她最终用爱情影响了男角,让观众感到非常困惑。